7h10 sáng 17/10/2019, 4 ngày trước khi khai mạc kỳ họp thứ 8 Quốc hôi khóa XIV[9], ông Lê Hải An được phát hiện tử vong do rơi từ tầng 8 nhà D trụ sở Bộ Giáo dục và Đào tạo (số 35 Đại Cồ Việt, Hà Nội), nơi ông ăn sáng trước khi làm việc.[2][10]

Hiện cơ quan chức năng đang tiến hành các biện pháp tố tụng theo quy định để điều tra sự việc.[11]

Tang lễ của ông bắt đầu từ 12h05 ngày 21 tháng 10 năm 2019, lễ truy điệu diễn ra lúc 14h tại Nhà tang lễ quốc gia tại số 5 đường Trần Thánh Tông, Hà Nội. Sau đó, ông được hỏa táng tại Đài hóa thân Hoàn Vũ, Văn Điển, Thanh Trì, Hà Nội. Ông được an táng tại công viên Vĩnh Hằng (nghĩa trang Thiên Đức), tỉnh Phú Thọ.